Die Georgenkirche war durch die Jahrhunderte Zentrum des Fleckens Glaucha, der späteren Amtsstadt. Auf einer Anhöhe an der Gerbersaale wurde im 12. Jahrhundert am Ort der alten Holzkirche die romanische Kirche gebaut.

In einer Kirchenvisitation von 1660 wird die Kirche wie folgt beschrieben:

“Sie ist ganz steinern bis unter das Dach. Die Decke ist in der Form eines runden Gewölbes von Holz und Tafelwerk verfertigt. Inwendig in der Kirche ist eine steinerne ausgeweitete Sakristei. Die Länge der Kirche ist 80, die Breite 30 Fuß. Das Kirchendach ist auf der einen Seite mit Ziegeln und auf der anderen mit Schiefer gedeckt. In der Mitte derselben ist ein spitzer Turm, darinnen nichts zu gebrauchen. Die Kirchenfenster alle sind eng. Das Stuhlregister führt Männer- von Frauenstühlen getrennt auf. Von den Männerstühlen sind 77, von den Frauenstühlen 200 vermietet. Daneben gibt es Brautstühle, Stühle für Kirchenväter und eine Anzahl Freistühle für jedermann.”

Die Pfarrkirche wird 1231 Klosterkirche, als Papst Gregor IX. das Zisterzienser-Nonnekloster Marienkammer bestätigt.
Die herausragende Gestalt der Reformationszeit ist Thomas Müntzer, der als Kaplan und Prediger in Georgen weit über Glaucha hinaus wirkt und Ostern 1523 fliehen muß, nachdem er in der Osternacht das Abendmahl unter beiderlei Gestalt austeilte. Justus Jonas war 1541 erster evangelischer Pfarre in Halle. Am 19. Januar 1547 hielt er den ersten evangelischen Gottesdienst in der Kirche St. Georgen. Der römische Einfluß fand sein Ende als Erzbischof König Sigismund von Brandenburg die Kirche St. Georgen seinem Freunde Sebastian Böltius, den ersten evangelischen Pfarrer gab. Am 11. August hielt er seine erste Predigt. Darauf gab der römische Priester sein Amt im Kloster auf. Die Äbtissin des Klosters nahm am 6. Oktober 1556 das Abendmahl in beiderlei Gestalt. Es war der Auftakt zur Evangelisierung der Kirche St. Georgen.

Das Kloster wird 1557, nach der Reformation aufgelöst. Schule und Kirche gehen wieder an die Gemeinde. Das städtisch Hospital aus dem Moritzkirchhof zieht ins Georgenkloster und wird später zum heutigen Hospital. Die Gemeinde St. Georgen zählte vor dem Dreißigjährigen Krieg 1500 – 2000 Seelen. Durch den Krieg ist die Kirche nicht weiter in Mitleidenschaft gezogen worden.
August Hermann Francke beginnt 1692 als Gemeindepfarrer in Glaucha und als Universitätsprofessor in Halle. Als Antwort auf die soziale Not in der Georgengemeinde gründet er im Pfarrhaus in der Mittelwache Schulen und Waisenhaus, aus denen später die Franckeschen Stiftungen als progressivste Bildungseinrichtung Europas wuchsen.

Am 6. Januar 1740 war eine sehr strenge Kälte, und die Kirchenbesucher hatten sich zum Frühgottesdienst ihre Kohlenpfannen, wie auch sonst, mit in die Kirche genommen. Durch eine zurückgelassene Kohlenpfanne geschah es, dass kurz nach dem Gottesdienste Feuer ausbrach und das alte Kirchengebäude bis auf die Umfassungsmauern abbrannte. Aus den Trümmern der niedergebrannten Kirche erhob sich der auf 482 qm erweiterte Neubau: die barocke Kreuzkirche, die 1744 zu Pfingsten durch Franckes Sohn, Gotthilf August Francke eingeweiht wurde. Für den Wiederaufbau bewilligte der König eine zweimalige Hauskollekte für die ganze Monarchie. Spenden aus weiter Ferne gingen ein. Gemeindemitgliedern, Lehrern und Schülern der Stiftungen war es eine Ehrenpflicht, die Kirche Franckes wieder aufzubauen.

Mit der Kreuzkirche St. Georgen wird ein Bau nach evangelischen Bedürfnissen errichtet. Die Theologie bestimmt die Architektur und Raumgestaltung. Der lichtdurchflutete Raum, mit ausgezeichneter Akustik machen die Georgenkirche zum Muster einer evangelischen Predigtkirche, einer der stilreinsten Barockkirchen Deutschlands. Errichtet auf dem Grundriß des Griechischen Kreuzes, den Altar-Kanzel-Orgel-Prospekt im Zentrum, den zwei geschwungenen, umlaufenden Emporen, bot sie 3000 Sitzplätze und Platz für 5000 Besucher. Die obere von beiden ringsherverlaufenden Emporen war vom Direktorium der Stiftungen unter der Bedingung gestiftet worden, dass auf ihr Lehrer und Zöglinge ihrer Anstalten ihren ständigen Platz erhielten.

1751 wurde die Orgel eingebaut. 1755 kam der Turm dazu. Am 16. Dezember 1756 wurden zwei neue Glocken in den Turm gebracht. Sie waren aus Glockengut, das aus dem Brande gerettet worden war und über 50 Zentner betrug, gegossen.

Unter der alten wie unter der neuen Kirche sind Grabgewölbe angelegt. Das eine zieht sich unter dem Mittelschiff der Kirche hin und ist ein Tonnengewölbe. das andere, kleinere liegt quer zu jenem, so dass beide Gewölbe zusammen eine Form eines lateinischen “T” haben. Eine große Anzahl namhafter Personen – darunter Pfarrer und Direktoren der Franckeschen Stiftungen – sind in den Gewölben beigesetzt.

Als größte Kirche der Saalestadt war die Georgenkirche für übergemeindliche Veranstaltungen besonders geeignet. Herauszuheben ist die einmalige Dachkonstruktion, die als räumliches Tragwerk mit großer Spannweite eine barocke Zimmermannsleistung bezeugt.

Im 19. Jahrhundert sind etliche Reperaturen durchgeführt worden. Einbauten und Anlagen, die baupolizeilich beanstandet wurden, wurden entfernt. Der Kirchenraum gewann dadurch einen freundlicheren Eindruck. Seit 1925 besaß die Kirche eine wertvolle neue Orgel von Rühlmann, Zörbig. Sie war mit elektrischem Licht ausgestattet und entsprach somit modernen Ansprüchen.

Zur Wendezeit im Herbst 1989 war die Georgenkirche Standort der einzigen Mahnwache in ganz Sachsen-Anhalt. Von hier aus wurde der friedliche Widerstand, der schließlich das SED-Regime zu Fall brachte, in der Stadt Halle koordiniert.